Während der ersten Laufzeit, von 2009-2013 gewährte der Forschungsfonds der Universität Basel dem Kompetenzzentrum Kulturelle Topographien eine Anschubfinanzierung in der Höhe von jährlich CHF 60'000. Damit werden in erster Linie Personalkosten gedeckt. Für die Finanzierung einzelner Projekte sorgen die initiierenden und durchführenden Mitglieder des Kompetenzzentrums.

Seit 2013 finanziert sich das Kompetenzzentrum mit substantiellen Mitteln der Philosophisch-Historischen Fakultät, des Departements Sprach- und Literaturwissenschaften, des Departements Altertumswissenschaften, des Departements Geschichte, der Humangeographie und der Theologischen Fakultät, sowie durch Berufungskredite, Overheadmittel und Preisgelder.